Classe 20/S: Lauree specialistiche in Fisica
Info: segreteria@fis.unipr.it      0521/905297
 Corsi di insegnamento: Laboratorio di Biofisica III Logout
 

Laboratorio di Biofisica III

Codice del corso 18477
Docente (Titolare del corso)
Anno 2° anno
Corso di studi Corso di Laurea Specialistica in Fisica dei Biosistemi
Tipologia Caratterizzante
Crediti/Valenza 3
SSD FIS/07 - fisica applicata (a beni culturali, ambientali, biologia e medicina)
Periodo didattico Primo semestre
 

Note

Il corso di laboratorio di Biofisica III č il primo dei due moduli di un corso semestrale di 6 crediti, che tratta di alcuni metodi spettroscopici avanzati per lo studio delle macromolecole biolgiche. In particolare si occupa di attivitā ottica, cinetica chimica e biofisica computazionale, con esercitazioni pratiche. La parte di biofisica computazionale verrā tratttata dalla dott.ssa Eugenia Polverini.
 

Programma

 

A) Attività ottica

Lezioni teoriche:

Asimmetria e dissimmetria

Principi di dicroismo circolare (CD)

CD di proteine

Esercitazioni:

Calibrazione di un dicrografo

Spettri CD di proteine

Metodi di analisi degli spettri CD di proteine

 

B) Cinetica

Lezioni teoriche:

Cinetica chimica

Cinetica enzimatica

Cinetica di folding delle proteine

Esercitazioni:

Tempo morto di un spettrofotometro a flusso arrestato (stopped flow)

Attività enzimatica dell’alcool deidrogenasi

Cinetica di denaturazione/rinaturazione di una proteina

 

C) Biofisica computazionale

La banca dati PDB e le strutture biomolecolari. Analisi strutturale di proteine tramite softwares. Sovrapposizione strutturale e Root Mean Square Deviation. Introduzione all'uso dei due programmi più diffusi: RasMol e SwissPdbViewer.

Esercitazione 1: analisi strutturale e comparativa di proteine.

Introduzione alla biofisica computazionale. Energia potenziale di una molecola e sua minimizzazione. Principio di Anfinsen e strategie di ricerca del minimo globale dell'energia. Principi fondamentali della dinamica molecolare e sue applicazioni. Simulazione del solvente. Analisi dei risultati.

Esercitazione 2: ricerca della struttura in soluzione di un peptide oppiode tramite simulated annealing e dinamica molecolare.

 

Testi consigliati e bibliografia

A) Attivitā ottica
- D.G. Morris: Stereochemistry, RSC 2001
- G. Fasman: CD and the conformational analysis of biomolecules, Plenum 1996
- C.R. Cantor, P.R. Schimmel: Biophysical Chemistry, Vol. 2, W.H.Freeman and Co. 1980

B) Cinetica
- A. Fersht: Structure and mechanism in protein science, Freeman 1999
- B. Noelting: Protein folding kinetics, Springer-Verlag 1999
- I. Tinoco et al: Physical Chemistry, Prentice Hall 2002

Sono inoltre disponibili gli appunti delle lezioni e i softwares utilizzati per l'analisi strutturale con i loro manuali.

 

Registrazione Green Attiva
 

Materiale didattico

Test online

Vai a Moodle

Visita i forum

Registrati al corso

Studenti registrati

Ultimo aggiornamento: 05/10/2009 09:43
HOMEDuplica il recordPrimoPrecedenteSuccessivoUltimoPS